La topografía del término municipal de Santander con una superficie aproximada de 36 km², configura cuatro cuencas vertientes bien diferenciadas.
Se distinguen en Santander cuatro cuencas principales a las que se asociación los principales sistemas de saneamiento existentes en Santander:
Saneamiento de la Bahía de Santander en la cuenca Sur : de reciente construcción, recoge las aguas residuales generadas en la cuenca Sur mediante un colector interceptor que circula paralelo a la Bahía y al que desaguan los grandes colectores de la cuenca Sur mediante una serie de tanques de tormenta. El colector interceptor tiene un diámetro variable entre 800 y 2000 mm que va aumentando a medida que se avanza en el trazado del mismo. Comienza en inicio de la Calle Castelar , final de la Avenida Reina Victoria y llega hasta la Estación General de Bombeo del Saneamiento de La Bahía donde se unen las aguas que este transporta con las procedentes del Ramal Aeropuerto 1, para ser impulsadas a un nuevo colector de diámetro 2000 mm que conecta con la Estación Depuradora de Aguas Residuales de San Román de la Llanilla. Una vez tratadas las aguas se evacuan al mar a través de un emisario submarino de diámetro 1800 mm , construido en hormigón con camisa de chapa, al que le llegan las aguas por gravedad mediante dos tuberías de diámetro 1200 mm .
Saneamiento de la vaguada de las Llamas: recoge las aguas generadas en la cuenca Este o de las Llamas. El agua llega a la Estación de Bombeo de las Llamas a través de diversos colectores de tamaños variables que recogen por un lado las aguas procedentes de la ladera Norte del Paseo de General Dávila y del otro lado las de la ladera Sur de Valdenoja y parte de Cueto, así como las procedentes del Sardinero. Desde el bombeo de las Llamas las aguas son impulsadas a un colector general de diámetro 1200 mm que discurre por el fondo de la vaguada hasta llegar a llegar a la EDAR de San Román. Existe en este sistema de saneamiento un tanque de tormentas que evacúa las aguas de lluvia en exceso a través de un canal a un emisario submarino, situado en las proximidades del hotel Chiqui. Al colector de la vaguada de las Llamas se unen en su trazado diversos colectores que le aportan las aguas que recogen en sus zonas de afección tanto en la margen izquierda como la derecha.
Colector principal Cueto - Monte: la cuenca Norte se ha visto fuertemente influenciada en los últimos años por el crecimiento y expansión urbana. El incremento de población ha traído consigo un aumento de las necesidades de alcantarillado. Estas necesidades de abastecimiento se han solventado en la mayoría de los casos con sistemas de alcantarillado principalmente mediante tuberías y colectores de PVC. Uno de los principales sistemas de saneamiento de la cuenca Norte es el colector general de Cueto de diámetro 600 mm . Dicho colector recoge las aguas producidas en Cueto y Valdenoja y las conduce por gravedad a través de la vaguada existente entre ambos hasta llegar al bombeo de San Miguel, donde se impulsan las aguas hasta el colector de las Llamas, para llegar finalmente a la ETAP de San Román.
Colector general Barrio de San Martín - 1º de Mayo - Ría de Raos: actualmente en ejecución, una vez finalizadas las obras se encargará de recoger tanto las aguas residuales como pluviales recogidas en la zona comprendida entre el Barrio San Martín, el Barrio 1º de Mayo y el límite del término municipal de Santander. En síntesis las obras proyectadas consisten en la un colector, definido como Colector 1, que partiendo del colector existente junto al canal de Raos discurre en dirección aproximada Este Oeste hasta las inmediaciones de Peñacastillo.. A este colector principal desaguan a lo largo de su recorrido los colectores 2 y 3 que recogen las aguas de los Barrios situados al Norte de la calle de 1º de mayo en el caso del colector 2 y las que provienen del colector de Mercasantander, en el caso del colector 3.Por último el Colector 4 conduce las aguas de alivio del Aliviadero 4 hasta una arqueta situada sobre los dos tubos de 1.200 mm existentes.
El servicio de Alcantarillado tiene como objetivo, el control de la red municipal, mediante la inspección, el mantenimiento y la reparación de los colectores públicos, su limpieza y las correcciones que sean oportunas para su buen funcionamiento así como el mantenimiento y control de las Estaciones de Bombeo de Aguas Residuales que complementan la red de Alcantarillado. Las Estaciones de Bombeo dada su trascendencia, se revisan diariamente.